Hola, Sergio. Puedes estar totalmente tranquilo, lo que te ha ocurrido es algo completamente normal y no significa en absoluto que el cultivo haya muerto ni que se haya estropeado tu lote.
El disco que conocemos comúnmente como scoby es en realidad una matriz de celulosa generada por las bacterias. Que flote, se quede en el medio o se hunda hasta el fondo depende de la densidad del líquido, de la temperatura y de si quedan o no burbujas de gas atrapadas debajo de él. Su posición física no determina la salud de la fermentación.
La verdadera colonia viva de bacterias y levaduras reside en todo el líquido. Con el paso de los días (normalmente entre 4 y 7 días), observarás que en la superficie comienza a formarse una capa fina, translúcida y brillante. Ese es un nuevo scoby que se está creando de forma natural en contacto con el oxígeno. El scoby original puede quedarse en el fondo durante todo el proceso o incluso subir más adelante si las levaduras producen suficiente gas carbónico.
Dado que mencionas que no tiene manchas extrañas ni mal olor, tu lote va por buen camino. Te aconsejo dejar el tarro en un lugar templado, protegido de la luz solar directa, cubierto con un paño transpirable y sin moverlo durante unos 7 a 10 días antes de hacer la primera cata.