Hola, Iñaki. Es una excelente pregunta y muy habitual cuando nos ponemos a hornear en casa.
En términos nutricionales y de composición básica, prácticamente no hay diferencia: ambos proceden del grano de avena. Sin embargo, en el comportamiento culinario y en el resultado final de un bizcocho, sí existen un par de matices importantes que conviene tener en cuenta.
El primero y más evidente es la granulometría o finura del molido. La harina de avena comercial pasa por molinos industriales y tamices de alta precisión, lo que proporciona una textura sedosa y muy homogénea. Cuando molemos copos de avena en casa con una batidora o procesador, solemos obtener una molienda más rústica y con pequeñas partículas irregulares. Esto provoca que la masa retenga el aire de forma ligeramente distinta y que la miga quede un poco más densa o granulada, lo cual encaja muy bien si buscas un bizcocho tradicional y con textura de pueblo.
El segundo aspecto es la absorción de líquidos. Los copos de avena han pasado previamente por un proceso térmico de vapor y prensado durante su elaboración industrial. Al molerlos en casa, su capacidad y velocidad de hidratación dentro de la masa pueden variar respecto a una harina refinada, por lo que a veces ayuda dejar reposar la masa cinco minutos antes de hornear para que se integre bien la humedad.
Si quieres usar tus copos molidos en el txoko y conseguir un acabado lo más fino y esponjoso posible, te aconsejo triturarlos en seco a máxima potencia y pasar el resultado por un colador o tamiz fino para retirar los fragmentos más gruesos. Con ese sencillo paso, no notarás prácticamente diferencia con respecto a la harina comercial.